Comptabilité et facturation des paramédicaux et du bien-être : logiciel ou comptable ?

Comptabilité et facturation des paramédicaux et du bien-être : logiciel ou comptable ?

Vous êtes psychologue, orthophoniste, dentiste, infirmière ou kiné, et un matin, la même question revient : est-ce que je continue seul avec un logiciel, ou est-ce qu’il me faut un expert-comptable ? Le sujet ressemble à celui d’une voiture. Faire le plein, c’est facturer et encaisser : vous savez le faire seul, et un logiciel vous y aide. La révision, elle, ne s’improvise pas, et le bon moment pour la confier à un garagiste dépend de votre moteur.

Cette page est une synthèse. Elle compare cinq métiers sur les mêmes critères : régime fiscal, TVA, caisse de retraite, besoin réel d’un comptable et outil de facturation adapté. Elle ne traite ni les actes, ni les cotations, ni les règles de remboursement : ce n’est pas mon domaine, et votre caisse ou votre ordre sont plus fiables que moi sur ces sujets.

Si vous cherchez un logiciel de facturation pour toutes les professions de santé, la page détaillée est ici : Meilleur logiciel de facturation pour les professions de santé. Pour les coachs, c’est ici : Logiciel de facturation pour coachs sportifs et bien-être.

L’essentiel en trente secondes

Le socle commun : ce qui ne change pas d’un métier à l’autre

Avant de comparer les métiers, regardons ce qu’ils ont en commun. Le tableau ci-dessous rassemble les trois éléments qui structurent votre comptabilité : le régime fiscal, la caisse qui prélève vos cotisations, et le traitement de la TVA.

Métier	Régime fiscal	Caisse de retraite	TVA sur les soins
Psychologue	BNC : micro ou déclaration contrôlée	CIPAV	Exonérée si le titre est protégé. Expertise, coaching, interventions en entreprise : 20 %
Orthophoniste	BNC : micro ou déclaration contrôlée	CARPIMKO	Actes exonérés
Dentiste	BNC (ou SELARL à l’IS)	CARCDSF	Soins exonérés. Prothèses exonérées sous conditions. Orthodontie, aligneurs, blanchiment : taxés selon la source consultée
Infirmier	BNC : micro ou déclaration contrôlée	CARPIMKO	Soins exonérés (art. 261, 4-1° du CGI), TVA sur achats non récupérable
Kinésithérapeute	BNC : micro ou déclaration contrôlée	CARPIMKO	Exonérée (art. 261 du CGI), TVA sur achats non récupérable
Coach sportif	BNC ou BIC selon l’activité	Selon le statut	Franchise, exonération « enseignement sportif » ou 20 % : voir notre article dédié

Deux conséquences pratiques. D’abord, si vos soins sont exonérés de TVA, vous n’avez pas de TVA à déclarer, mais vous ne récupérez pas non plus celle de vos achats : un tensiomètre à 200 € HT vous coûte 240 € TTC. Ensuite, chaque caisse a ses propres appels de cotisations. Les provisionner chaque mois, sur un compte à part, évite la mauvaise surprise de l’appel de régularisation.

Micro-BNC ou réel : la règle des 34 %

C’est le vrai nœud de la question « comptable ou logiciel ». En micro-BNC, le fisc applique un abattement forfaitaire de 34 % sur vos recettes (avec un minimum de 305 €), et vous ne déduisez rien d’autre : ni loyer, ni matériel, ni amortissement. Au réel, vous déduisez vos frais effectifs. Le plafond du micro-BNC est de 83 600 € de recettes pour la période 2026-2028.

Pensez à un forfait de téléphone illimité contre un forfait à la consommation. Le forfait de 34 % est avantageux si vous consommez peu de frais ; si vos frais dépassent ce forfait, payer au réel coûte moins cher. Le point d’égalité est donc simple : vos frais réels face à 34 % de vos recettes.

Exemple : 60 000 € de recettes	Base micro-BNC	Base au réel	Plus avantageux
Charges réelles de 15 000 € (25 % des recettes)	39 600 €	45 000 €	Micro-BNC
Charges réelles de 20 400 € (34 %, le point d’égalité)	39 600 €	39 600 €	Égalité
Charges réelles de 22 000 € (loyer de cabinet, matériel)	39 600 €	38 000 €	Réel

Sur 60 000 € de recettes, l’abattement est de 20 400 €. Si vos charges réelles dépassent ce montant, par exemple 22 000 € entre loyer de cabinet, matériel et assurances, le réel donne une base de 38 000 € contre 39 600 € en micro. Les deux premières lignes du tableau sont de mon fait, la troisième reprend l’exemple d’un cabinet d’expertise comptable spécialisé dans les orthophonistes.

Au réel, vous tenez un livre-journal, vous remplissez la liasse 2035 et vous la déposez autour du 1er mai (date à vérifier chaque année). C’est faisable seul avec un bon logiciel, mais c’est là que le comptable devient utile : il simule chaque année les deux options et vérifie que vous n’oubliez aucune charge. Une réserve : une source consultée sur les orthophonistes cite encore l’ancien plafond de 77 700 €. Les autres sources, dont celles des infirmiers et des dentistes, retiennent 83 600 €. Je retiens 83 600 € ; confirmez-le sur impots.gouv.fr avant de décider.

Psychologue libéral : le micro-BNC gagne souvent

Les frais d’un psychologue tournent souvent autour de 15 à 25 % de ses recettes, d’après un guide comptable consulté : un cabinet loué à temps partiel, quelques abonnements, de la supervision. C’est en dessous des 34 % de l’abattement micro, donc le micro-BNC est généralement le plus avantageux. L’exemple du guide : pour 45 000 € de recettes, avec 9 000 € de frais, le micro donne une base de 29 700 € contre 36 000 € au réel. Avec 18 000 € de frais, c’est le réel qui gagne. Le point de bascule est à 15 300 € de frais pour 45 000 € de recettes.

La TVA, point de vigilance

Les actes de soin d’un psychologue sont exonérés de TVA, à condition qu’il porte le titre protégé. En revanche, les expertises, les interventions en entreprise, le coaching, les ateliers de bien-être non thérapeutiques et les formations non agréées sont soumis à 20 %. Si vous mélangez les deux, il faut séparer les flux dans votre comptabilité, sans quoi la TVA devient un casse-tête. C’est la situation où je trouve le comptable le plus utile pour un psychologue.

Mon soutien psy : deux flux à suivre

Le dispositif Mon soutien psy permet jusqu’à 12 séances par an à 50 €, dont 30 € pris en charge par l’Assurance Maladie (60 %) et 20 € par la complémentaire (40 %). Il est réservé aux psychologues conventionnés, et le tiers payant sur la part de l’Assurance Maladie est annoncé à partir du 1er octobre 2026. Côté facturation, cela signifie deux flux d’encaissement pour une même séance. Un outil qui permet de suivre les paiements attendus et reçus devient alors plus utile qu’un simple modèle de facture.

Ma lecture pour un psychologue qui ne fait que du soin : un logiciel de facturation relié à son compte pro suffit, avec un comptable une fois par an pour confirmer le choix micro ou réel. Avec une activité mixte (soin, formation, entreprise), prenez un comptable dès le début.

Orthophoniste : surveiller le point d’égalité chaque année

Selon un cabinet spécialisé, la profession compte environ 26 000 libéraux, avec un revenu annuel moyen de 52 000 €, presque tous en secteur 1. Tous les actes d’orthophonie sont exonérés de TVA et les cotisations CARPIMKO représentent environ 14 à 16 % du revenu BNC. Elles sont déductibles. Un autre guide estime la charge CARPIMKO à environ 22 % du bénéfice pour un infirmier : les estimations varient, donc demandez à votre caisse un calcul à votre situation.

Le sujet de l’orthophoniste est surtout le loyer. Un cabinet loué et du matériel poussent vite les charges au-dessus de 34 % des recettes, et le réel devient alors plus avantageux, comme dans l’exemple à 60 000 € de recettes plus haut. La SELARL est possible, mais d’après la même source elle est rarement pertinente sous 100 000 € de recettes.

Ma lecture : un logiciel pour facturer et suivre ses encaissements, plus une simulation annuelle micro contre réel, faite seul avec un tableur ou avec un comptable lors d’un rendez-vous ponctuel. Le comptable en continu devient intéressant au réel, avec un loyer et du matériel à suivre.

Dentiste : le cas où je pars du comptable

Un cabinet dentaire est une petite entreprise lourde en investissements : fauteuil, imagerie, assistante. D’après un cabinet qui publie un guide à jour de mars 2026, le micro-BNC reste possible sous 83 600 € de recettes, mais avec un matériel lourd et un loyer, les frais dépassent vite 34 % des recettes et la déclaration contrôlée devient la logique.

L’amortissement change le résultat

Un équipement d’imagerie de 120 000 € amorti sur 8 ans donne 15 000 € de dotation la première année en amortissement linéaire, et 33 750 € en dégressif (coefficient 2,25) lorsque le matériel est neuf et éligible. Ce choix pèse sur votre impôt de plusieurs années, et c’est exactement le genre de décision pour laquelle un comptable se justifie.

La TVA des prothèses et de l’esthétique

Les soins sont exonérés. Les prothèses le sont aussi à trois conditions : fabriquées pour un patient déterminé, sur commande du praticien, à partir d’une empreinte préalable. Selon la même source, les appareils d’orthodontie, les aligneurs et le blanchiment esthétique sont taxés à 20 %, d’après une précision du BOFiP de février 2023. Si vous avez des recettes taxables, la franchise en base s’applique à 37 500 €, calculée hors honoraires de soins exonérés. Je n’ai pas vérifié ce point sur le BOFiP lui-même : faites-le confirmer par votre comptable.

CARCDSF et SELARL

Les cotisations de la caisse des dentistes comprennent des forfaits (6 109 € au total par praticien en 2026, selon la source) et une retraite de base de 8,73 % jusqu’à 48 060 € de revenu. En SELARL, l’impôt sur les sociétés est de 15 % jusqu’à 42 500 € de bénéfice, puis de 25 %, et les dividendes au-delà de 10 % du capital sont soumis aux cotisations des indépendants. Ces arbitrages ne se font pas avec un logiciel.

Ma lecture : pour un dentiste, un expert-comptable est le choix de départ, et le logiciel de facturation vient en complément pour le suivi de l’activité. C’est le seul métier de cette page où je renverse l’ordre habituel.

Infirmier et kiné : le logiciel métier avant le logiciel de compta

Pour ces deux métiers, la première question n’est pas la comptabilité. Un infirmier ou un kiné conventionné doit télétransmettre ses feuilles de soins, avec un logiciel homologué SESAM-Vitale. Les comparatifs rappellent que ce logiciel métier ne gère ni la TVA, ni le bilan, ni la déclaration 2035. À l’inverse, un logiciel comptable ne fait pas la télétransmission. Les deux outils ne se remplacent pas, ils se complètent.

Logiciel métier (prix TTC / mois, selon La Ruche)	À partir de	Remarque
Soins 2000	19 €	Le moins cher du comparatif
Vega	45 €	Autre source : 41,50 € ou 45 €
Calendridel	0 € à 90 €	Offre modulaire
Ozzen Pro, CareCare, Albus	119 à 120 €	Prix moyen observé par l’article : environ 120 €
Agathe YOU	149 €	Éditée par CBA, qui publie le comparatif : lecture non neutre

Ces prix sont ceux d’un comparatif publié par un éditeur qui y met en avant son propre produit, et un autre comparatif donne pour Vega et Agathe YOU des tarifs légèrement différents. Prenez-les comme des ordres de grandeur, entre 19 € et 150 € par mois.

Le suivi des impayés : à quel endroit ?

C’est le sujet de beaucoup de recherches d’infirmières libérales, alors voici comment je le découpe. Ce qui est dû par la caisse ou la mutuelle se suit dans le logiciel métier : d’après La Ruche, il suit les retours de télétransmission, repère les rejets, signale les factures non réglées et peut faciliter les relances auprès des caisses. Je n’ai pas trouvé de source qui décrive le suivi des impayés dans un logiciel de comptabilité pour ce métier. Ce qui reste à votre charge, par exemple des honoraires facturés directement, peut se suivre dans un outil de facturation classique.

Ce que les comptables retiennent

Pour l’infirmier, le micro-BNC reste possible jusqu’à 83 600 € de recettes. L’exemple de Hayot Expertise : 70 000 € de recettes donnent 23 800 € d’abattement et 46 200 € de base imposable. Le réel devient souvent plus intéressant au-delà d’environ 70 000 € si les investissements sont importants. Les remplaçants rétrocèdent en général de 10 à 30 % de leurs honoraires, la rétrocession venant en diminution des recettes, avec un contrat écrit, daté et communiqué au conseil départemental de l’Ordre.

Pour le kiné, les recettes typiques annoncées par une source sont de 50 000 à 80 000 €, donc sous le plafond micro. La déclaration contrôlée est obligatoire au-delà, ou sur option. Une source de 2025 cite encore l’ancien plafond de 77 700 €.

Ma lecture : logiciel métier d’abord, logiciel de comptabilité ensuite pour tenir le livre de recettes BNC et préparer la 2035 si vous êtes au réel, comptable ponctuel pour arbitrer ou si vous avez plusieurs remplaçants.

Coach sportif et bien-être : un cas à part

Le coach n’est pas un paramédical, mais la question est la même. Selon l’activité, il peut être en franchise de TVA (37 500 € pour les services), exonéré au titre de l’enseignement sportif, ou à 20 %. Cette partie est traitée en détail ici : Logiciel de facturation pour coachs sportifs et bien-être. Retenez seulement que le coach de bien-être non réglementé est taxé, contrairement au psychologue qui soigne.

Logiciel ou comptable : le tableau de décision

Je résume ce qui précède en une règle : le logiciel suffit tant que votre situation est stable et que vos frais restent inférieurs à 34 % de vos recettes. Le comptable devient utile quand il faut arbitrer (micro ou réel, TVA mixte, rétrocessions, structure), pas pour recopier des factures.

Votre situation	Mon choix de départ	Pourquoi
Psychologue, soins seuls, micro-BNC	Logiciel	Frais souvent sous 34 %, peu de TVA à gérer. Un rendez-vous annuel suffit
Psychologue, activité mixte (soin, entreprise, formation)	Comptable	Deux traitements de TVA à séparer
Orthophoniste	Logiciel + simulation annuelle	Le loyer fait basculer au réel : à recalculer chaque année
Infirmier ou kiné	Logiciel métier + logiciel de compta	La télétransmission ne se remplace pas. Comptable si remplaçants ou réel
Dentiste	Comptable	Amortissement, TVA mixte, choix de structure
Coach sportif ou bien-être	Logiciel	Voir notre article dédié pour la TVA

Combien coûte un comptable ?

D’après La Fabrique du Net (juillet 2026), un expert-comptable pour une micro-entreprise coûte entre 0 et 100 € par mois, avec des offres en ligne à partir d’environ 49 €. Pour une TPE, comptez 70 à 150 € par mois : de 1 200 à 3 000 € par an en cabinet, de 600 à 1 200 € en ligne. Un bilan seul se situe autour de 1 000 à 1 500 €. Un cabinet en ligne annonce pour sa part 39 à 69 € HT par mois selon le régime, et un autre dès 29 €. Les honoraires comptables sont déductibles au réel.

Un rendez-vous ponctuel pour arbitrer micro ou réel coûte donc bien moins qu’un suivi mensuel. C’est la formule que je trouve la plus raisonnable pour un psychologue ou un orthophoniste.

Quel logiciel de facturation pour votre cabinet ?

Une fois la question du comptable réglée, il reste l’outil. Pour une profession libérale en BNC, Indy est ma première piste, d’abord parce que sa page infirmier précise ce qu’il fait : comptabilité BNC avec classement des transactions, préparation de la déclaration 2035 et des 2042 et 2042-C-Pro, calcul des cotisations URSSAF et CARPIMKO, facturation certifiée plateforme agréée. Elle précise aussi ce qu’il ne fait pas : ni SESAM-Vitale, ni tournées.

Outil	Offre gratuite	À savoir pour un cabinet
Indy	Essentiel à 0 €	Devis et factures illimités, facturation électronique via sa plateforme agréée, suivi des paiements, compte pro gratuit. Relances automatiques, déclarations et suivi des seuils sont payants
Abby	Basique à 0 €	Factures illimitées, livre des recettes, alertes de seuils. Relances et connexion bancaire dans l’offre Pro à 15 €
Tiime	Free à 0 €	Devis et factures illimités, suivi des paiements avec relances d’après ses pages. Compte pro et carte dans les offres payantes dès 9,99 € HT

Sur le prix, les pages d’Indy ne concordent pas : la page tarifs affiche une offre payante d’entrée à environ 9 € HT par mois, alors que la page consacrée aux infirmiers indique des déclarations fiscales à partir de 22 € par mois. Vérifiez l’offre exacte au moment de souscrire. Dans tous les cas, l’offre gratuite suffit pour facturer et suivre les paiements.

Si vous êtes en micro-BNC et que vous voulez un outil léger, Abby est une alternative. Si vous voulez un compte pro et une collaboration avec un expert-comptable, Tiime peut convenir ; ses offres avec comptable partenaire se trouvent dans les paliers payants. Mes comparaisons reposent sur les pages publiques de chaque outil, consultées en octobre 2026.

Pour tenir une comptabilité en micro-entreprise sans expert-comptable, notre guide détaille la méthode : Gérer sa comptabilité en micro-entreprise sans expert-comptable.

Et la facturation électronique ?

Pour les soins exonérés de TVA, plusieurs sources indiquent que vous êtes hors du champ de l’obligation d’émission, mais pas forcément de celle de réception, qui s’applique depuis le 1er septembre 2026. Les sources divergent sur ce dernier point, je vous renvoie donc à notre page Facturation électronique : qui n’est pas concerné ? Les exceptions. Vos patients sont de toute façon des particuliers, donc hors facturation électronique entre entreprises.

Ma recommandation

Décidez en trois étapes. Calculez votre point d’égalité (34 % de vos recettes contre vos frais réels). Identifiez si votre TVA est mixte. Choisissez votre outil selon votre métier : logiciel métier pour la télétransmission, outil de facturation et de comptabilité BNC pour le reste, comptable ponctuel pour les arbitrages.

FAQ : vos questions sur la comptabilité des paramédicaux et du bien-être

Un psychologue libéral a-t-il besoin d’un expert-comptable ?

Pas obligatoirement. Avec des frais inférieurs à 34 % des recettes, le micro-BNC est souvent le plus avantageux et se gère avec un logiciel. Un comptable devient utile si vous mélangez soin et activités taxées à 20 %, ou si vous passez au réel.

Les consultations d’un psychologue sont-elles soumises à la TVA ?

Les actes de soin sont exonérés si le titre de psychologue est protégé. Les expertises, interventions en entreprise, coaching et formations non agréées sont taxés à 20 %. Dans le doute, séparez ces recettes dans votre comptabilité.

Orthophoniste : micro-BNC ou déclaration contrôlée ?

Comparez chaque année vos frais réels à 34 % de vos recettes. Avec un loyer de cabinet et du matériel, le réel gagne souvent. Sur 60 000 € de recettes, il devient plus avantageux dès 20 400 € de charges.

Un dentiste peut-il se passer d’expert-comptable ?

C’est possible en théorie sous 83 600 € de recettes, mais les charges d’un cabinet dentaire (matériel, loyer) dépassent souvent 34 % des recettes. L’amortissement du matériel, la TVA sur certains actes et le choix entre exercice individuel et SELARL justifient en général un accompagnement.

Indy peut-il remplacer le logiciel de télétransmission d’une infirmière ?

Non. D’après sa propre page, Indy ne gère ni SESAM-Vitale ni les tournées. Il complète le logiciel métier pour la comptabilité BNC, la facturation et les déclarations.

Un coach sportif doit-il facturer la TVA ?

Cela dépend de son activité : franchise en base, exonération pour l’enseignement sportif sous conditions, ou 20 %. Le détail est dans notre article : Logiciel de facturation pour coachs sportifs et bien-être.

Pour aller plus loin : TVA et auto-entrepreneur : seuils de franchise 2026 et Calcul des pénalités de retard de paiement.

Sources consultées : Hayot Expertise, infirmier libéral : BNC, rétrocessions et comptabilité (février 2026), AdvizExperts, expert-comptable orthophoniste (mars 2026) et La Ruche, comparatif logiciel infirmier (octobre 2026).